هورمونهاي و به خصوص استروژن، تاثير مهمي در بروز سردرد بانوان دارند. (استروژن عامل تعديل کننده سردرد) وقتي دختري براي اولين بار عادت مي­شود، اين آثار را براي اولين بار مي­توان مشاهده کرد. پيش از بلوغ، فراواني سردرد در پسران و دختران کاملاً مشابه است. در زمان بلوغ، فراواني سردرد به طور قابل توجه در دختران افزايش مي­يابد و ميزان آن در دختران سه برابر پسران مي­شود. ساير مشاهدات اپيدميولوژيک قوياً بر پايه­ي تاثير مهم استروژن در سردردهاي زنانه است. حدود 60% زنان مبتلا به ميگرن مي­گويند که قاعدگي (حالت پايين افتادن استروژن) محرک بروز سردرد است.

ميگرن قاعدگي (Menstrual Migraine):

 ميگرن­هايي که با قاعدگي ديده مي­شود شامل آن دسته از حملات ميگرني است که حدود زمان عادت در بيماراني بروز مي­کند که در وقتهاي ديگر طول ماه دچار حملات ميگرني غير قاعدگي مي­شوند. وقتي خانمي دچار حملات ميگرني است که انحصاراً با قاعدگي ارتباط دارد، مي­توان ميگرن واقعي قاعدگي را تشخيص داد. فقط حدود 7 تا 10% از زنان مبتلا به ميگرن را نمي­توان مطابق با معيارهاي رايج انجمن بين المللي سردرد (HIS) دانست، اما با استفاده از معيارهاي جديد HIS که سال آينده منتشر خواهد شد، اينکار عملي است.

حدود 50% زنان مي­گويند که سردردهاي­شان در طول بارداري بهبودي مي­يابد. اين حالت ميگرن از نوع استروژن بالاست. با وجودي که وقوع سردرد در زمان يائسگي ممکن است تغيير نمايد، ولي اين امر بستگي به اين مساله دارد که يائسگي به خودي خود بوجود آمده باشد يا با جراحي ايجاد شده است. اين يافته حاکي از آنست که بيش از يک فونسکيون ساده­ي تخمداني در اين امر دخالت دارد. با وجودي که هورمونها تاثيري قوي بر سردرد دارند ولي به طريقه­ي مشابه، تمامي زنان را تحت تاثير قرار نمي­دهند. مشخص شده است که هورمون­هاي جنسي بر عوامل عصبي، عروقي، مکانيکي و روانشناختي تاثير مي­گذارند. نتيجه­ي کلي تاثير هورمونها بر سردردها احتمالاً ناشي از تداخل اثر ميان تمامي اين عوامل است که اين امر خود نشانه­ي آن است که چرا پايين بودن مقدار استروژن در بعضي زنان موجب تشديد سردرد مي­شود.